波罗的海因从四周河流注入大量淡水，最长的河流为维斯杜拉(vistula)河和奥得(oder)河。Ｘ２３ＵＳ．ＣＯＭ更新最快
强烈的北海潮汐不能达到波罗的海，因而波罗的海缺少潮流，潮波也很小。
水面因风暴而流动，强烈的东北风导致南海岸大浪，促成了沿海高水位；而优势的西南风有助于沿德国和波兰海岸的沙丘堆积，同时使波罗的海北部海岸水位高涨。
波罗的海的表层环流呈气旋型，从南部沿岸自东向北，然后沿瑞典东岸向南又流到厄勒海峡，由厄勒海峡流出。流速约为5厘米/秒20厘米/秒。
在强风作用下，局部海区流向和流速会发生变化。近岸附近有时可达80厘米/秒以上，在开阔水域亦可增大到30厘米/秒。
入海径流量较大时，表层水经厄勒海峡进入北海；而波罗的海的外海海水从大贝尔特海峡的深处流入，先沿南岸向东流，再沿东岸向北流，形成逆时针方向洋流。
波罗的海的潮汐分为不正规半日潮、不正规全日潮和正规全日潮。潮差变化只有4厘米（克莱佩达）到10厘米（芬兰湾）。但受风、气压、径流和海水的汇流等影响，非潮长周期波动（周期从几小时到几昼夜）可使沿岸水位发生巨大变化。
由于气旋的移行，开阔海区的近岸区域水位变动可达50厘米以上，而在海湾靠近内陆的部分可达1.5-3米。1824年11月，列宁格勒的水位曾达到4.1米。
北大西洋洋流的改变效力，在波罗的海几乎感觉不到。
波罗的海之水所以寒冷，是由于这里的海水所含的盐分，只有其他海洋之水所含盐分的1/4，因而较易冰冻。欧洲1/5地面的水，经由250多条河流注入波罗的海，大量的淡水涌进来，而波罗的海之水经由狭隘通道排入北海的水又有限，因此这个海的水几乎是淡的。
春季长期的冰冻，减缓春天气候的离去，而表面冰冻的缓慢扩展，则延长了秋天，甚至在波罗的海可以航行时，由于时常有强烈暴风雨和风力的突然改变，行船也是危险的。
波罗的海是世界上盐度最低的海域，这是因为波罗的海的形成时间还不长，这里在冰河时期结束时还是一片被冰水淹没的汪洋，后来冰川向北退去，留下的最低洼的谷地就形成了波罗的海，水质本来就较好。
其次波罗的海海区闭塞，与外海的通道又浅又窄，盐度高的海水不易进入；加之波罗的海纬度较高，气温低，蒸发微弱；这里又受西风带的影
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